什么是荧光标记
荧光标记（Fluorescent labeling）是一种广泛应用于生命科学领域的技术，用于追踪和定位目标生物分子的代谢和运动轨迹。通过将荧光染料与目标分子特异性地结合，荧光标记使得目标分子在显微镜下呈现出明亮的荧光信号，从而实现对生物过程的实时观察与定量分析。
荧光标记所依赖的化合物称为荧光物质。荧光物质是指具有共轭双键体系化学结构的化合物，受到紫外光或蓝紫光照射时，可激发成为激发态，当从激发态恢复基态时，发出荧光。利用荧光标记分子，将其共价结合在一些分子识别物质（比如酶、抗原/抗体、DNA、适配体、多肽等）上作为探针，分子识别物质与被检测的对象（比如蛋白、多肽等）进行反应之后，根据荧光标记分子在反应前后的荧光强度变化，对被检测对象进行各种定量的分析。
荧光标记优点
1、荧光标记的无放射物污染，操作简便
2、高灵敏度和空间分辨率
3、可视化等
这些优点，使得荧光标记物在许多研究领域的应用日趋广泛。
常见的荧光染料
1、香豆素系列：
香豆素和香豆素衍生物是紫外线可激发的蓝色荧光染料，其发射波长范围约为390至480nm。用途最广泛的香豆素包括AMCA，7-氨基香豆素(AFC和AMC)，7-羟基香豆素和7-甲氧基香豆素的衍生物。
香豆素类荧光染料分子量很小，可紫外激发，一般发蓝色荧光（emission range ~410 to 470 nm），常常作为多色荧光靶标实验中蓝光染料。由于价格便宜，个头小，香豆素类染料常常用于标记酶底物，从而可在细胞中，溶液中检测酶活性
2、罗丹明系列：
罗丹明染料分子的激发波长通常在500-600nm之间，而发射波长在550-750nm之间。此外为了更适应生物荧光成像，可以通过改变其结构和偶联元素使其吸收和发射红移，进而衍生了一系列近红外罗丹明染料。罗丹明可以覆盖从绿色到红色广泛的光谱，其中橙色荧光的四甲基罗丹明最常见，最常用。
罗丹明是3′,6’双胺化的呫吨类（Xanthene）荧光染料。相对于荧光素染料（羟化呫吨），罗丹明（胺化呫吨）的荧光具有更好的pH稳定性，并且胺化染料更容易结构多样化，不同结构会得到不同波长和颜色的荧光，因此罗丹明类染料可选用的荧光颜色更多，很多染料有比荧光素波长更长的荧光，是荧光素的有力补充。利用荧光素和各种罗丹明的组合，可以实现各种多色彩染色，标记，追踪，常常用于DNA测序，荧光免疫，微阵列的各种生物实验中。罗丹明特别适合核酸分子标记，也可以用于dextran等高分子的标记。由于大多数罗丹明水溶性差，标记蛋白时容易产生蛋白聚集，荧光淬灭等问题，需注意或者选择其它荧光分子。
3、荧光素FITC系列：
FITC系列荧光染料的激发波长为495nm左右，发射波长为520nm左右，呈绿色荧光。常用的FITC系列有FITC，5-羧基荧光素，6-羧基荧光素，氨基荧光素等。荧光素(fluorescein)是最早使用，最经济实惠，也是使用最广泛的荧光染料之一。它的两种形式FAM (fluorescein amidite)和FITC (fluorescein isothiocyanate)常常见诸于文献报道中。荧光素有很多优点：它量子产率很好，高达到0.94，因此初亮度非常明亮；它的水溶性很好，和蛋白偶联不会产生沉淀问题；它的激发峰是494nm，和常用的激光束488nm(argon-ion laser)很匹配。它的弱点是光稳定性欠佳，长时间照射荧光易淬灭，另外它的荧光对pH敏感，在偏酸性条件下荧光变弱。
4、CY系列：
Cy系列荧光染料包括Cy3、Cy5、Cy7等，它们的激发波长和发射波长略有不同。Cy3的激发波长为550nm左右，发射波长为570nm左右;Cy5的激发波长为650nm左右，发射波长为670nm左右;Cy7的激发波长为750nm左右，发射波长为770nm左右。这些荧光染料常用于荧光免疫分析、荧光探针检测、荧光染色以及生物荧光标记等领域。Cy系列荧光染料具有优异的光学性质和稳定性，能够提供高灵敏度和高特异性的检测结果，因此在生物医学研究中得到了广泛应用。Cy(Cyanine)是一系列非常常用的荧光化合物。它们荧光比FITC，罗丹明等更亮更稳定，在工业和生物技术中已有很多年的使用历史。基于不同的化学结构，Cy染料的荧光可以覆盖从紫外到近红外几乎所有光谱。
a、Cy2是一种发射绿色荧光的染料，光学性质与罗丹明绿、FITC、AF488类似
b、Cy3 (Cyanine 3) 是一种发橘黄色荧光的花青素荧光染料
c、Cy5是明亮的红色荧光染料。由于它的激发和发射峰都在长波长红光区，而在这个区域生物样品的自身荧光较弱，因此，相对于Cy3，Cy5具有明显的灵敏度优势。
d、Cy7 属近红外荧光染料，它发射的荧光肉眼不可见但是可以被大多数荧光仪器识别
5、BODIPY系列
BODIPY染料可覆盖所有的可见光光谱范围，与各种仪器的参数都相匹配。 和AF系列，Cy系列染料一样，硼二吡咯系列染料荧光明亮，消光系数高，光稳定性好。确定是价格昂贵
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