推荐一篇发表在Nat. Methods 上的文章，Absolute quantitative and base-resolution sequencing reveals comprehensive landscape of pseudouridine across the human transcriptome。文章的通讯作者是来自牛津大学的Chun-Xiao Song教授， Song教授主要从事表观遗传学RNA修饰相关的研究。
假尿苷作为一种RNA转录后修饰不仅存在于tRNA、snRNA和rRNA中，也在mRNA中广泛存在。该修饰参与真核细胞的剪接、翻译、RNA-蛋白相互作用调控等重要生命活动并且与癌症等疾病有密切关联。然而，现有的假尿苷修饰检测方标记率较低，信噪比不高。因此，开发一种高准确性、高灵敏度的方法来检测假尿苷修饰是非常必要的。本文作者基于2-溴丙烯酰胺与假尿苷的环化反应开发了一种假尿苷修饰的定量检测方法(BACS)。2-溴丙烯酰胺先与假尿苷上活泼的N1位点发生迈克尔加成，随后与临近的氧原子O2发生环化，可以在逆转录中被识别为C碱基，从而实现对假尿苷修饰的识别。作者首先利用人工合成的RNA通过质谱表征测定了BACS技术鉴定假尿苷修饰的准确性和反应效率。实验结果表明，85%以上的假尿苷都可以被BACS方法鉴定到，其鉴定结果的假阳性率也低至1%以下，证明该方法可以有效地用于假尿苷修饰的单碱基表征。基于此技术，研究者们在多种细胞系中绘制了假尿苷分布图谱，对snRNA、tRNA和mRNA上的假尿苷修饰进行了表征。他们还通过在HeLa细胞中敲除假尿苷修饰相关酶，对该修饰的关键酶TRUB1、 PUS7和PUS1的作用位点进行了测定。除此之外，他们还将BACS技术应用于各种RNA和DNA病毒的转录组中以研究假尿苷修饰在病毒RNA中的存在。综上，作者开发了基于2-溴丙烯酰胺环化反应的高灵敏度、高准确性假尿苷修饰测定技术，绘制了更全面和准确的人源转录组中的假尿苷修饰图谱。原文链接：https://doi.org/10.1038/s41592-024-02439-8原文引用：DOI: 10.1038/s41592-024-02439-8
