分享一篇发表在Angewandte上的文章，题目为“Site-Selective Ligand Selection by Mutational Profiling for Covalent RNA Targeting”，通讯作者是来自拉德堡大学的Willem A. Velema教授，其研究方向是细菌耐药性问题，特别关注RNA和DNA的作用。

近年来，非编码RNA（ncRNA）的生物学功能日益受到关注。当前，小分子与RNA的相互作用主要依赖非共价结合，这类方法存在结合强度不足、缺乏位点选择性的局限。共价靶向策略（类似蛋白质共价药物的成功案例）因此兴起，本文通过突变分析这一结构驱动方法，开发高选择性共价RNA探针。

作者首先以Ribocil（一种选择性抑制细菌FMN核糖开关的配体）为支架，设计了一个共价探针库，其核心采用N-酰基咪唑作为亲电弹头，靶向RNA的2'-OH基团。此外，为了解决识别共价修饰位点问题，作者提出了突变分析的方法，具体来说将探针与FMN核糖开关适体孵育，利用错误倾向逆转录酶SuperScript-II在RNA中引入突变，再通过测序量化突变率，共价修饰位点具有高突变率。

通过该方法作者发现Covacil（化合物3）在F. nucleatum适体的U66位点及B. subtilis适体的U91位点表现出高选择性修饰，且修饰依赖适体正确折叠。作者还通过质谱和竞争实验证明了该共价配体修饰由配体结合介导。最终，作者发现在B. subtilis总RNA中，Covacil仍能特异性修饰FMN核糖开关的U91位点，证明其在复杂RNA环境中的有效性。

总的来说，本文展示了一种的共价RNA探针设计策略，并通过突变分析平台，从理性设计的紧凑库中筛选出高选择性探针Covacil。

本文作者：YDP

责任编辑：WYQ

DOI：10.1002/anie.202517243

原文链接：https://doi.org/10.1002/anie.202517243